Il y a deux niveaux dans le monde BIONICLE: la surface, et les souterrains. Les Matoran ne devaient jamais vivre à le surface; la plupart des formes de vie connues vivent dans de larges cavernes en forme de dômes et les quelques exceptions sont ceux qui atteignirent Mata Nui, ceux qui restèrent sur Voya Nui, et ceux qui s'échappèrent de The Pit (bien qu'ils ne puissent atteidre la surface). La plus grande partie de la surface du monde n'a pas été explorée; et peu savent qu'il existe une surface au dessus d'eux, ce qui explique l'appelation de ces terres de surface "les cités au dessus du ciel".
Voici quelques différences entre la surface et les souterrains:
Tout être souterrain connu est biomécanique, mais le monde de la surface est connu pour avoir des créatures entièrement organiques. La première fois que l'île de Mata Nui fut découverte, Toa Whenua remarqua d'étranges oiseaux - étranges pour lui, car ils étaient entièrement organiques et différents des oiseaux biomécaniques qu'il connaissait bien.
La composition des objets: tout ce qui est souterrain, depuis les objets inanimés jusqu'aux corps des êtres vivant, est fait à partir de formes dérivées de Protodermis; mais il y a des choses à la surface dont la nature n'est pas de Protodermis. Cette remarque provient de Toa Nokama, qui regardait l'eau de la surface et la comparait à la mer de Protodermis liquide qui entoure Metru Nui.
Le ciel: le ciel de la surface est similaire au ciel de la terre, avec un soleil, une lune, et des étoiles; mais Metru Nui, quand à elle, possède son propre ciel factice qui cache le fait que l'île est dans une caverne, et ses deux "soleils" sont en fait des trous à travers lesquels le soleil brille. Le ciel de Metru Nui possède également différentes étoiles, mais l'on ne sait pas de quoi elles sont faites. Les Toa Metru et les Piraka furent aveuglés par la lumière et confrontés à la chaleur du soleil de la surface qui sont différents de ceux des souterrains; les Toa Metru virent également à quel point le ciel est plus haut et qu'il n'y a pas de barrières (les murs de la caverne) pour les empêcher d'aller plus loin.
Voici les principales îles connues à ce jour: